წმინდა კირილემ პირადად გაუგზავნა წერილი ნესტორს და ამხილა იგი. ნესტორი გაანაწყენა პატრიარქის ამ წერილმა და შემდეგ თვითონ დასდო ბრალი წმინდანს ეკლესიაში შფოთის შეტანაში. კირილეს წერილებმა, შემოგვინახეს პასუხი ამ ბრალდებაზე.

     "არეულობა ჩემმა წერილმა კი არა, იმ მავნე თხზულებებმა გამოიწვია, რომლებიც შენთან ერთად სხვებმაც გაავრცელეს. ამიტომ არავითარი საფუძველი არ გაქვს მე დამადანაშაულო ამაში. შეცვალე შენი ცხოვრების წესი, აღმოფხვერი ცდომილება საკუთარი გონებიდან, აღიარე წმინდა ქალწული ღმრთისმშობლად, წინააღმდეგ შემთხვევაში, მერწმუნე, უკან არაფერი დამახსევინებს, რადგან ქრისტეს რწმენისთვის მზადა ვარ ყველაფერი დავითმინო;

     არ მაშინებს არც ბორკილები და არც სიკვდილი"

     წმინდა კირილემ კარგად იცოდა, რომ ბევრი ეპისკოპოსი და იმპერატორიც, ნესტორის მფარველები იყვნენ, მაგრამ მაინც გულანთებული ჩაება მასთან ბრძოლაში. კონსტანტინეპოლში კი შფოთი სულ უფრო ძლიერდებოდა. მთელი მოსახლეობა ჩაბმული იყო საღმრთისმეტყველო საკითხთა განხილვაში. პატრიარქი ნესტორი ყველაფერს აკეთებდა თავისი მომხრეების შესანარჩუნებლად. იგი განსხვავებული მოსაზრებების სამღვდელო პირებს უკრძალავდა ქადაგებებს. ნესტორმა ბევრ დეკანოზს ჩამოართვა ხარისხი და დაადანაშაულა მწვალებლობაში. კირილე განმანათლებელი კი წერილებს აგზავნიდა პაპთან და სთხოვდა მისთვის მხარი დაეჭირა ჭეშმარიტების დაცვაში. რომის კრებამ მართლაც დაადანაშაულა ნესტორი და დაემუქრნენ, რომ თუ არ უარყოფდა თავის მოსაზრებას, განკვეთდენ. იგივე დადგენილება მიიღო კრებამაც, რომელსაც ალექსანდრიაში კირილე განმანათლებელი ხელმძღვანელობდა.

     პატრიარქი კირილე კვლავ წერდა წერილებს ნესტორს და კრების სახელითაც გაუგზავნა ეკლესიის დოგმატის ამონაწერი, რომელიც თორმეტ პუნქტად ჩამოყალიბდა. ნესტორი და მისი მიმდევრები უარყოფდნენ ამ პუნქტებს და თავის მხრივ კირილეს ადანაშაულებდნენ მწვალებლობაში. დავა სულ უფრო მძიმდებოდა. ადგილობრივმა კრებებმა ვერც რომში და ვერც ალექსანდრიაში ვერ შეძლეს ამ საკითხის გადაწყვეტა, რადგან არც რომის და არც ალექსანდრიის ეპისკოპოს დამოუკიდებლად არ შეეძლო ამ თუ იმ საკითხის გადაწყვეტა. მაშინ იმპერატორმა თეოდოსი II-მ გადაწყვიტა მოეწვია მესამე მსოფლიო საეკლესიო კრება ეფესოში, იქ სადაც თავისი ამქვეყნიური ცხოვრების უკანასკნელი წლები გაატარა ყოვლადწმინდა ქალწულმა. მესამე მსოფლიო საეკლესიო კრება უნდა გახსნილიყო 431 წლის 7 ივნისს, ყოვლადწმინდა ღმრთისმშობლის სახელობის ტაძარში. კირილე და სხვა ეპისკოპოსები კრებამდე რამდენიმე დღით ადრე ჩავიდნენ ეფესოში. იქ ჩავიდა ნესტორიც, მაგრამ მანამდე მეფეს მოსთხოვა დაცვის გამოყოფა და მერე ეს დაცვა თავის ბინასთან დააყენა, სადაც დღე-ღამის განმავლობაში დარაჯობდნენ მას. მთელი აღმოსავლეთი შფოთავდა და აქტიურობდა ამ საკითხების განხილვაში.

     დადგა კრების გახსნის თარიღიც, მაგრამ ჯერ კიდევ არ ჩამოსულიყვნენ არც პაპისაგან უფლებამოსილნი და არც ანტიოქიის პატრიარქი იოანე სირიელი თავის ეპისკოპოსებთან ერთად. ყველამ კარგად იცოდა რომ პატრიარქი და სირიელი ეპისკოპოსები ნესტორის მხარდამჭერები იყვნენ და ეჭვობდნენ ისინი განგებ აჭიანურებდნენ ჩამოსვლას, რათა როგორმე თავი აეცილებინათ ნესტორის მხილებისათვის. ამასობაში გავიდა მთელი 16 დღე და ბოლოს ეპოსკოპოსებმა მაინც გადაწყვიტეს მოეწყოთ კრება პატრიარქ კირილეს თავმჯდომარეობით. ეფესოში იმდროისათვის იმყოფებოდა სულ 198 ეპისკოპოსი, რადგან 68 წინააღმდეგი იყო კრების დაწყებისა. კრებას არ ესწრებოდა თავად ნესტორიც, რადგან იგი არ სცნობდა ამ კრების უფლებამოსილებას ეპისკოპოსების არასრული შემადგენლობის გამო. ამავე აზრს იზიარებდნენ მეფისაგან წარმოგზავნილი დამცველები და ნესტორის სხვა მიმდევრებიც, მაგრამ რადგან უმრავლესობა მომხრე იყო კრების გახსნისა - კრება გაიხსნა.

     კრებამ აღიარა პატრიარქის მოსაზრებები ნიკეის აღმსარებლობასთან დაკავშირებით. თუმცა იმაში მხარის აბმას მოერიდნენ, სადაც იგი ბრალს სდებდა ნესტორს. კრებაზე წაიკითხეს ამონარიდები ეკლესიის დიდი მამების თხზულებებიდან იესო ქრისტეს განკაცების შესახებ. კრებამ ერთსულოვნად დაადანაშაულა ნესტორის ცრუსწავლება. ამასობაში ეფესოში ჩავიდა ანტიოქიის პატრიარქი იოანე სირიელ ეპისკოპოსებთან ერთად. მათ უკანონოდ აღიარეს კრება და აღარ მიიღეს მასში მონაწილეობა. სამაგიეროდ შეადგინეს ნესტორთან და მის მიმდევრებთან ერთად სხვა კრების მონაწილეთა სია და თავიანთ კრებაზე თვითონ პატრიარქი კირილე გამოაცხდეს მწვალებლად და დაადგინეს მისი გადაყენება. ასე შედგა საღმრთისმეტყველო საკითხებზე სხვდასხვა მოსაზრებათა გამო ეფესოში ორი კრება. პირველი კრება ისტორიაში შევიდა მესამე მსოფლიო საეკლესიო კრების სახელწოდებით, ხოლო მეორე კრება სახელია განდგომილთა კრების სახელით. ორივე კრებამ თავიანთი დადგენილება მეფესთან გაგზავნა.

     იმპერატორმა რასაკვირველია ვერ გაარკვია რომელი იყო კრების ნამდვილი დადგენილება და ამიტომ ორივეს მოაწერა ხელი, რითიც დათანხმდა ორივე პატრიარქის - ნესტორისა და კირილეს გადაყენებას. როდესაც კონსტანტინეპოლელებმა ეს შეიტყვეს, აღშფოთებულები ბერთა მთელ დასთან ერთად წმინდა ლავრენტის მეთაურობით სასახლისაკენ გაემართნენ, რათა ეთხოვათ მეფისთვის რომ გადაეხედა ყველა ამ საკითხისთვის. მაშინ მეფემ თავისთან იხმო ორივე კრებისაგან გამოგზავნილი რვა-რვა ეპისკოპოსი და საქმის გულდასმით გამოძიების შემდეგ დადგინდა სიმართლე. მეფემ დაგმო ნესტორის ცრუსწავლება, რომელზეც 200-ზე მეტი ეპისკოპოსი აწერდა ხელს ეფესოს მესამე მსოფლიო საეკლესიო კრებაზე. ეფესოში კრებაზე მამებს არ მიუღიათ არანაირი ახალი დოგმატური განსაზღვრება, რადგან აკრძალული იყო რწმენის სიმბოლოსა და ნიკეის კრების დადგენილების შეცვლა. მსოფლიო კრებამ განდეგილთა კრების ყველა მონაწილეს ჩამოართვა ხარისხი.

     ალექსანდრიაში დაბრუნებული კირილე განმანათლებელი, თავისი სიცოცხლის უკანასკნელ, 444 წლამდე მართავდა ეკლესიას. მისი მოსაზრებები უმეტესად ღრმა რწმენას ეფუძნებოდა. ასე ცდილობდა იგი ეგვიპტეში ცრუ სწავლების ამოძირკვას. მან დაგვიტოვა რამდენიმე შესანიშნავი თხზულება. მას მიაკუთვნებენ ღმრთისმშობლისადმი მიძღვნილ ცნობილ ლოცვას "ღმრთისმშობელო ქალწულო, გიხაროდენ...". მისი მოსაზრებები აკმაყოფილებდა ადამიანის რელიგიურ გრძნობებს და სწორედ ამაშია მისი ღირსება და განუზომელი უპირატესობა ნესტორის რაციონალურ აზრებთან შედარებით. წმინდა კირილემ შეადგინა დიდი ხუთშაბათის ჟამნებიც. მას ეკლესია იხსენიებს 9 ივნისს.

     ნესტორი, რამდენიმე ხანს, ანტიოქიის მახლობლად ერთ-ერთ მონასტერში ცხოვრობდა. მან არ უარყო თავისი ცრუ სწავლება, რის გამოც 435 წელს გადაასახლეს ეგვიპტის უდაბნოში, სადაც დაახლოებით 451 ან 452 წელს საშინელი სიკვდილით აღესრულა. ისტორიკოსთა ცნობებით მას ენაზე მატლები დაესია. ნესტორის ნაცვლად პატრიარქად, ჯერ ხუცესი მაქსიმიანე დაადგინეს, მერე კი წმინდა პროკლე - იოანე ოქროპირის მოწაფე, რომლის დამსახურებაც გახლავთ, მისი მასწავლებლის, იოანე ოქროპირის ნეშთის გადმოსვენება კონსტანტინეპოლში. იგი დიდი განსწავლულობით გამოირჩეოდა. სწორედ მისი პატრიარქობის ჟამს დაიწყო საშინელი მიწისძვრები კონსტანტინეპოლში. ქრისტიანები ჯვრებით გარს უვლიდნენ ქალაქს და ცრემლებით შეჰღაღადებდნენ ღმერთს - "უფალო შეგვიწყალენ!" უეცრად უხილავმა ძალამ ერთი ყმაწვილი აიტაცა ზეცად და როდესაც ცოტა ხნის შემდეგ იგი კვლავ დაეშვა მიწაზე, ყველას უამბო ანგელოზთა დასზე, რომლებიც ასე უგალობდნენ ღმერთს - "წმინდაო ღმერთო, წმინდაო ძლიერო, წმინდაო უკვდაო, შეგვიწყალენ ჩვენ!". შეკრებილებმაც აიტაცეს ეს ლოცვა და ერთხმად იწყეს გალობა. მიწისძვრაც შეწყდა. წმინდა პროკლემ, ეს წმინდა საგალობელი შეიტანა ღმრთისმსახურებაში.

     მესამე მსოფლიო საეკლესიო კრების შემდეგაც არ შემწყდარა ნესტორის მიერ ჩამოგდებული შფოთი ხალხში. მისი მიმდევრები თვლიდნენ რომ იგი უსამართლოდ დასაჯეს და ცდილობდნენ მისი სწავლების გავრცელებას. ამ მოსაზრებას იცავდა ეკლესიისგან ფრიად მიღებული ადამიანი თეოდორიტე მოფსუეტელი. მისი მოსაზრებები ძალიან ახლოს იგა ნესტორის ცრუსწავლებასთან. თეოდორიტე - ეს სირიელი ეპოსკოპოსი დიდხანს იდგა ნესტორის მხარეზე და წერილობით ეწინააღმდეგებოდა კირილესგან მის ანათემიზირებას. თუმცა მერე მიხვდა შეცდომას, მაგრამ ნესტორის მიმდევრებმა ისარგებლეს მისი ადრინდელი მოსაზრებით, თავიანთი სწავლების გასამართლებლად ამოწერეს ისინი, სხვადასხვა ენებზე თარგმნეს და გაავრცელეს. მაშინ პროკლე კონსტანტინეპოლელმა და სხვა ეპისკოპოსებმა დაიწყეს ამ მოსაზრებების მხილება, თუმცა არ ასახელებდნენ ავტორს. რათა კვლავ არ დაწყებულიყო ეკლესიაში არეულობა. სირიაში მღელვარება არადაარ ცხრებოდა და ბოლოსდაბოლოს ამაში ჩაერია ხელისუფლება. მათ განდევნეს ნესტორიანელები, რომლებმაც თავი შეაფარეს სპარსეთს. იქ კი მოიპოვეს მეფის ნდობა. მისი მზრუნველობით გახსნეს ედესში დიდი სასწავლებელი და იწყეს მქადაგებლების მომზადება, რომელთაც უნდა გაევრცელებინათ ნესტორის სწავლება. ასე გავრცელდა ნესტორიანობა ეგვიპტეში, სირიასა და ინდოეთში. იგი გავრცელდა ჩინეთშიც, ბარსრუმი კი ერთ-ერთი ყველაზე მგზნებარე ნესტორიანელია. სასტიკად სდევნიდა ჭეშმარიტ ქრისტიანებს სპარსეთში. აწამებდა და კლავდა მათ. ართმევდა ეკლესიებს და იქ ადგენდა ნესტორიანელ ეპისკოპოსებს. ნესოტრიანელებმა სპარსეთში, ტეზიფონში დაადგინეს პატრიარქი და უწოდეს კათალიკოსი. მალე კვლავ დაიწყო კონსტანტინოპოლში ახალი შფოთი. კეთილმოსავი ეპისკოპოსები შიშობდნენ, რომ ისევ არ დაწყებულიყო კამათ და დავა საღმრთისმეტყველო საკითხებზე, რადგან კარგად იცოდნენ როგორ უშლიდა ეს ხელს ქრისტიანული სიყვარულის შენარჩუნებას და როგორ აღვივებდა შუღლსა და ბოროტებას ადამიანთა შორის, მაგრამ სამწუხაროდ გამოჩდნენ ისეთი ეპისკოპოსებიც, რომლებიც თანხმდებოდნენ ამას და ყველაფერს აკეთებდნენ საკუთარი მიზნების მისაღწევად.